Już w niespełna miesiąc po oswobodzeniu Krakowa od hitlerowskich Niemców Komitet zebrał się na swym pierwszym po wojnie posiedzeniu pod przewodnictwem prezesa Karola Rollego, byłego senatora II Rzeczypospolitej Polskiej i przedwojennego prezydenta Krakowa. Nadszedł rok 1946, w którym głośno obchodzono 200-lecie urodzin Kościuszki. Rok ten ogłoszono nawet Rokiem Kościuszkowskim.
Nowa władza PRL chętnie przyznawała się do Kościuszki. Wykorzystywała jego demokratyzm i program uwłaszczenia chłopów w swej demagogicznej propagandzie – o Kopiec, miejsce szczególnej jego pamięci, nie dbała zupełnie. Opiekował się nim jak mógł i potrafił najpierw Karol Rolle, później (od roku 1951) kolejny prezes Komitetu – Karol Estreicher, zasłużony i znany historyk sztuki.
Sława miejsca broniła się sama jego treścią ideową i niepospolitą urodą. Kopiec nadal i wciąż był licznie odwiedzany przez krakowian i rzesze przybywających do Krakowa Polaków. Profesor Estreicher traktował swą opiekę nad Kopcem jako swoistą misję opieki nad symbolem niepodległości w warunkach ograniczonej suwerenności państwa. Ze względu jednak na niejasny w świetle aktualnego prawa status Komitetu schronił się on pod opiekę istniejącego w Krakowie od 1897 r. zasłużonego Towarzystwa Miłośników Historii i Zabytków Krakowa. W 1971 roku na mocy uchwały Wydziału czyli Zarządu Towarzystwa czcigodny Komitet wszedł w organizacyjny związek z mającym ugruntowaną sytuację prawną Towarzystwem, zachowując jednak znaczną samodzielność. Kopiec jednak w tych powojennych dziesięcioleciach niszczał coraz bardziej.
Dopiero w 1979 r. K. Estreicher zdołał zainteresować władze pogarszającym się stanem Kopca. Kolejne naprawy i zabezpieczenia: przeprowadzone przez wojsko w latach 1980-1985 i następne prowadzone w latach 90-tych XX w. przez przedsiębiorstwo Budowy Kopalń w Lublinie według projektów rzeczoznawców geotechników z Politechniki Krakowskiej – jak wykazała najbliższa przyszłość – nie dały trwałego rezultatu.